Ποινική δίωξη για τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου ασκήθηκε από τις εισαγγελικές Αρχές μετά την ολοκλήρωση της προκαταρκτικής εξέτασης που διενεργούσε ο εισαγγελέας Πρωτοδικών, Ιωάννης Σέβης. Η ποινική δίωξη στρέφεται σε βάρος του πατέρα Αντώνιου, της πρεσβυτέρας και δύο ακόμα προσώπων. Ειδικότερα, η ποινική δίωξη στον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα αφορά τα αδικήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος μέσω της Κιβωτού του Κόσμου. Πιο συγκεκριμένα, η πρεσβυτέρα φέρεται να έχει τελέσει τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης ως φυσικός αυτουργός ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις. Και οι δύο επίσης βαρύνονται με το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος. Οι άλλοι δύο κατηγορούμενοι στην υπόθεση κατηγορούνται σε βαθμό πλημμελήματος για συνέργεια σε πλημμεληματική υπεξαίρεση αφού αφενός ένα μέρος του μισθού του, του ενός, πρώην υπαλλήλου (30.000 ευρώ) στην Κιβωτό, φαίνεται να γύριζε στην οργάνωση ενώ στη θυρίδα του συγγενικού προσώπου του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ. Το αδίκημα της απιστίας συνίσταται -σύμφωνα με πληροφορίες- σε αναιτιολόγητες δαπάνες άνω των 190.000 ευρώ ποσό που σχετίζονται με την αγορά από το ζεύγος ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις επισκευές που έγιναν σε αυτό. Επίσης, αφορά σε εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ από τα ταμεία της Κιβωτού του Κόσμου για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Η υπεξαίρεση, επίσης, σε βαθμό κακουργήματος, αφορά τα χρήματα και τιμαλφή ύψους περίπου 470.000 ευρώ που βρέθηκαν στο διαμέρισμα της οργάνωσης που χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος, καθώς και τα χρήματα, τα κοσμήματα και τις χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες αλλά και 300.000 ευρώ που λείπουν από τα διαθέσιμα της οργάνωσης. Ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα, στο πλαίσιο της εισαγγελικής έρευνας, κλήθηκαν και έδωσαν εξηγήσεις με την ιδιότητα των υπόπτων τέλεσης αξιόποινων πράξεων δύο φορές. Κατά πληροφορίες, αρνήθηκαν τις κακουργηματικές κατηγορίες που τους αποδίδονται ωστόσο δεν έδωσαν σαφείς απαντήσεις, οι οποίες να κριθούν πειστικές από τις εισαγγελικές Αρχές. Το επόμενο διάστημα αναμένεται να κληθούν σε απολογία από τον ανακριτή που θα αναλάβει την περαιτέρω διερεύνηση της υπόθεσης.