Σε βάρος του έχει ασκηθεί δίωξη σε βαθμό κακουργήματος για διατάραξη ασφάλειας των συγκοινωνιών που είχε ως αποτέλεσμα το θάνατο πολλών ατόμων, αλλά και δίωξη σε βαθμό πλημμελήματος για ανθρωποκτονία και βαριές σωματικές βλάβες κατά συρροή από αμέλεια. Η δίωξη στον κ. Πατέρα ασκήθηκε στα τέλη Αυγούστου, δεν απολογήθηκε όμως, όπως ήταν προγραμματισμένο στις 5 Σεπτεμβρίου, καθώς ήταν η ημέρα που ξεκίνησαν οι πλημμύρες στη Θεσσαλία. Παράλληλα ο κ. Πατέρας διώκεται σε βαθμό πλημμελλήματος για παράβαση καθήκοντος καθώς ήταν ο άνθρωπος που υπέγραψε την μετακίνηση του σταθμάρχη που ήταν σε υπηρεσία το μοιραίο βράδυ που έγινε δυστύχημα προκειμένου να μετακινηθεί από την Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση στον ΟΣΕ. Για αυτή την υπόθεση έχει ήδη ασκηθεί δίωξη σε 15 άτομα, δύο έχουν προφυλακιστεί  ο 59χρονος σταθμάρχης και ο επιθεωρητής του ΟΣΕ στη Θεσσαλία