Το περιτειχισμένο συγκρότημα της μονής Μυρτιδίων, που ιδρύθηκε το 19ο αιώνα, αποτελείται από το καθολικό (τρίκλιτη βασιλική με υπερυψωμένο το κεντρικό κλίτος, νάρθηκα και υπερώο-γυναικωνίτη, στο κατώτερο επίπεδο του οποίου βρίσκεται ο αρχικός ναός της Παναγίας), κελιά (διατεταγμένα βορείως και νοτίως του καθολικού), στα οποία φιλοξενούνται πιστοί για τη νηστεία των πρώτων δεκαπέντε ημερών του Αυγούστου (ο λεγόμενος δεκαπεντισμός), το καμπαναριό από πωρόλιθο με εντυπωσιακούς τοξοειδείς σχηματισμούς στα μέτωπα των τεσσάρων ορόφων του, βορειοανατολικά του καθολικού, και το μονόχωρο καμαροσκεπή ναΐσκο της Αγίας Τριάδας (Μεταβυ­ζαντινών Χρό­νων).  Ο αρχικός ναός της Παναγίας είναι προσαρμοσμένος στη φυσική διαμόρφωση βρα­χώδους ανοίγμα­τος με αβαθή κόγχη προς βορράν για τη φιλοξενία της εικόνας της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας. Στο παλαιό καθολικό υπάρχει εικόνα της Πανα­γίας της Μυρτιδιώτισσας με αργυρή επένδυση. Το νεότερο καθολικό στη σημερινή του μορφή (τρίκλιτη βασιλική με μαρμάρινο τέμπλο του 1856) οικοδομήθηκε από τον ηγούμενο Αγαθάγγελο Καλλίγερο στα μέσα του 19ου αιώνα. Σύμφωνα με την τοπική παράδοση, η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας βρέθηκε από ένα βοσκό σε μια ερημική τοποθεσία γεμάτη μυρσίνες (μυρτιές) που μοσχοβολούσαν (εξ ου και η ονομασία της), είτε το 1160 είτε το 15ο αιώνα. 
Η μεγάλη γιορτή της Παναγίας στα Κύθηρα
Η μεγάλη γιορτή της Παναγίας στα Κύθηρα λαμβάνει χώρα στις 24 Σεπτεμβρίου, όταν γιορτάζει η Παναγία η Μυρτιδιώτισσα. Η μονή Μυρτιδίων συνδέεται με το κορυφαίο θρησκευτικό έθιμο των Κυθηρίων, τη λιτάνευση της εικόνας της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας, τη «γύρα», όπως τη λένε οι Τσιριγώτες.  Η λιτάνευση ξεκινά την Κυριακή της Ορθοδοξίας, όταν η εικόνα φθάνει από το μοναστήρι στη Χώρα. Εκεί γίνεται περιφορά της εικόνας και ακολουθεί γλέντι. Στη συνέχεια η εικόνα φεύγει από τη Χώρα και, ύστερα από πολυήμερη περιφορά στα χωριά του νησιού (σε κάθε χωριό γίνεται πανηγύρι την ημέρα της άφιξης της εικόνας), καταλήγει στο μοναστήρι. Μυρτιδιώτισσα Αγνή ευλογημένη, των Κυθηρίων δόξα άμα και ωράισμα, και πιστών της γης απάντων η προστασία συ υπάρχεις των Παρθένων το αγλάισμα, και μητέρων το υπόδειγμα και σέμνωμα. Διό κράζομεν, σκέπε φρούρει ικέτας σου.  Σωτήρα η τέξασα και Θεόν, παντοίων κινδύνων διασώζεις και συμφορών, αιρέσεως πλάνης, σχίσματος της μανίας, εν τάχει απαλλάττεις, Μυρτιδιώτισσα.