Με αφορμή την όξυνση του Κρητικού ζητήματος στα τέλη της δεκαετίας του 1890 και κρυφή αιτία την τεράστια πίεση στα όρια του εμφυλίου προς το Βασιλιά και την Κυβέρνηση των οπαδών της ‘’μεγάλης ιδέας’’, η χώρα, παρότι ανέτοιμη στρατιωτικά και πτωχευμένη ήδη από το 1893, μπήκε τον Απρίλιο του 1897 στην περιπέτεια ενός ελληνοτουρκικού πολέμου. Όπως ήταν φυσικό, έληξε οδυνηρά με ταπεινωτική για την Ελλάδα συνθηκολόγηση τον Σεπτέμβριο, μετά από μεσολάβηση των μεγάλων δυνάμεων. Κατά τη διάρκεια αυτού του πολέμου ο ελληνικός στόλος («Μοίρα Αιγαίου»), αντί να κατευθυνθεί προς τα Δαρδανέλια και να απελευθερώσει τα ανατολικά νησιά, ψευτοεπιχειρούσε στην περιοχή της Πιερίας, δηλαδή λίγο πιο πάνω από τη γραμμή των ελληνοτουρκικών συνόρων.

Η δράση του θεωρήθηκε υποτονική σε σχέση με τη δύναμή του καθώς ήταν το μόνο ισχυρό όπλο της τότε Ελλάδας. Η Σκιάθος ως τελευταίο ελεύθερο νησί πριν το βόρειο Αιγαίο, αποτέλεσε σημείο ανεφοδιασμού και ανάπαυσης του ασκόπως περιφερόμενου στα δυτικά παράλια ελληνικού στόλου. Από τη Σκιάθο συντόνιζε τις επιχειρήσεις ο Μοίραρχος Σαχτούρης και στις 10/4/1897 ανέφερε στους προϊσταμένους του: «εύρομεν εις την ξηράν (της Κατερίνης) φονευθέντας διά των πολυβόλων ημών δύο στρατιώτας (…) συνελάβομεν παρά Αικατερίνην δυο ιστιοφόρα μετά τροφών και πολεμοφοδίων άτινα ερυμουλκήσαμεν ενταύθα (στη Σκιάθο) … κλπ».

Φυσικό επακόλουθο της απραξίας του στόλου ήταν η εκτόξευση αλληλοκατηγοριών, με ποιο εντυπωσιακή τη δήλωση του υπουργού Ναυτικών Νικόλαου Λεβίδη , ότι θα κατέβαλλε 10.000 δραχμές σε όποιον τον πληροφορούσε που βρισκόταν ο στόλος! Η φράση λεγόταν την στιγμή που η Λάρισα αφηνόταν στους Τούρκους με τον στόλο να παραμένει αδρανής γύρω απ’ τη Σκιάθο. Ένας σημαντικός λόγος, που παρεμπόδισε τότε, τη “Μοίρα Αιγαίου” να δράσει σοβαρά, ήταν οι διοικητικές αγκυλώσεις του ελληνικού κράτους. Οι διαταγές του Λεβίδη, τυπικά μεν, αποστέλλονταν στον Μοίραρχο Σαχτούρη, όμως στην πραγματικότητα, οι αποφάσεις λαμβάνονταν και εκτελούνταν, από τον πρίγκιπα Γεώργιο.

Αυτό το γεγονός, φυσικά το γνώριζε ο Λεβίδης, γι’ αυτό υπέβαλε την παραίτησή του, στις 14 Απριλίου του 1897. Ο Σημαιοφόρος Ιωάννης Κόκκορης, που υπηρετούσε στο θωρηκτό Ψαρά, υπέβαλλε από τη Σκιάθο στις 15 Απριλίου τηλεγραφική αναφορά στον Υπουργό Ναυτικών, με την οποία κατήγγελλε τον Σαχτούρη ως προδότη του έθνους. Και ναι μεν ακολούθησε ανάκληση του Πλοιάρχου Σαχτούρη από την αρχηγία του στόλου Αιγαίου, ο ανακληθείς όμως κατήγγειλε και εκείνος με τη σειρά του τον Κόκκορη ως συκοφάντη!

Το Ναυτοδικείο, όπου στη συνέχεια οδηγήθηκε η υπόθεση, αθώωσε τον Κόκκορη παμψηφεί. Ωστόσο, ο κατηγορηθείς Πλοίαρχος αθωώθηκε, όταν ο ίδιος παρέπεμψε τον εαυτό του σε δίκη για να αποσαφηνιστούν, ή όχι, οι ευθύνες του και κατόπιν προήχθη σε Υποναύαρχο! Στην αρχή του προηγούμενου χρόνου ο Αλεξ. Παπαδιαμάντης, κι ενώ η χώρα ετοιμαζόταν αμέριμνη για του Ολυμπιακούς του 1896, ίσως ήταν ο μόνος που είχε προβλέψει πού οδηγούνται τα πράγματα με το άρθρο του « οιωνός» το οποίο έκλεισε με την ευχή: «τὸ ἀρχόμενον ἔτος νὰ μὴ εἶναι χειρότερον ἀπὸ τὸ ἔτος τὸ φεῦγον.…»