Απάντηση στη μηνυτήρια αναφορά κατά του ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου», π. Αντωνίου Παπανικολάου, για ρατσιστική συμπεριφορά έδωσε η οργάνωση, διευκρινίζοντας ότι η επίμαχη επιστολή υπογράφεται από διοικητικά στελέχη της MKO, και όχι από τον ιδρυτή. Να θυμίσουμε ότι τη μηνυτήρια αναφορά κατά της οργάνωσης «Κιβωτός του Κόσμου» κατέθεσε ο Παναγιώτης Δημητράς, εκ μέρους του Ελληνικού Παρατηρητηρίου των Συμφωνιών του Ελσίνκι. Ο κ. Δημητράς κατηγορεί την οργάνωση για «ξενοφοβία και ισλαμοφοβία». Αφορμή για τη μηνυτήρια αναφορά ήταν δύο επιστολές, εκ των οποίων μία είχε παραλήπτη το Δημοτικό Συμβούλιο Χίου. Σύμφωνα με τη μήνυση, η ΜΚΟ είχε αντιταχθεί στη δημιουργία προαναχωρησιακού κέντρου κοντά σε εγκατάσταση της «Κιβωτού» η οποία βρίσκεται στη Χίο. Το Παρατηρητήριο καταγγέλλει επίσης την εισαγγελέα διότι δεν άσκησε δίωξη για παλαιότερο κείμενο από την «Κιβωτό». Η αναφορά έχει κατατεθεί στη Διεύθυνση Κρατικής Ασφάλειας στο πλαίσιο του αντιρατσιστικού νόμου. Σε αυτήν υπάρχουν επισυναπτόμενα δύο δημοσιεύματα με ημερομηνίες 22 Νοεμβρίου 2019 και 1 Ιουνίου 2017.

Αναλυτικά η ανακοίνωση της «Κιβωτού»:

«Η Κιβωτός του Κόσμου, στις δομές φιλοξενίας ανηλίκων έχει πρωταρχικό κριτήριο και νομική ευθύνη, την ασφάλεια των παιδιών, τόσο αυτών που απομακρύνθηκαν από το περιβάλλον τους, για να προστατευτούν, με την εντολή του εισαγγελέα, όσο και των ανηλίκων και ασυνόδευτων προσφυγόπουλων, των οποίων η ασφάλεια, αποτελεί το μοναδικό κριτήριο για οποιαδήποτε δράση ή ανακοίνωση στις οποίες προβαίνει. Η Δομή του Παιδικού Χωριού της Χίου, στην οποία αναφέρονται τα δημοσιεύματα, έχει φιλοξενήσει περισσότερους από 200 ασυνόδευτους ανήλικους πρόσφυγες και μετανάστες, και τούτο το έπραξε κατά την αρχική περίοδο των έντονων προσφυγικών ροών (έτη 2015-17), όταν είχε μόλις ενσκήψει το πρόβλημα της φιλοξενίας των ανήλικων προσφυγόπουλων, και μάλιστα αυτοβούλως, χωρίς να επιδιώξει οιαδήποτε δημοσιότητα και χωρίς να λάβει την παραμικρή βοήθεια. Η επίμαχη επιστολή, κατετέθη προς τις αρμόδιες αρχές, προκειμένου να ληφθούν τα κατάλληλα μέτρα για την προστασία των ανήλικων ευπαθών ομάδων που φιλοξενεί. Κάποιες μεμονωμένες λέξεις και φράσεις των επίμαχων επιστολών, οι οποίες αναπαράγονται και δημιουργούν αρνητικές εντυπώσεις, έχουν μοναδικό στόχο να καταδείξουν στις αρμόδιες αρχές την ένταση του προβλήματος και να τονίσουν τους υπαρκτούς κινδύνους που εγκυμονούν οι αποφάσεις τους. Λόγω ακριβώς της επικέντρωσής μας στο κοινωφελές έργο μας, δεν έχουμε τη δυνατότητα να παρακολουθούμε και να απαντούμε άμεσα σε δημοσιεύματα, διότι μοναδικό μέλημά μας είναι η καθημερινή φροντίδα των παιδιών μας και των οικογενειών που στηρίζουμε. Η διοίκηση της Κιβωτού του Κόσμου».