Το Περιφερειακό Συμβούλιο Θεσσαλίας που συνεδριάζει τη Δευτέρα θα αποφασίσει για την έγκριση υποβολής προτάσεων στο ΕΣΠΑ και τα έργα είναι κυρίως μεταφερόμενα από το προηγούμενο πρόγραμμα. Το Κέντρο Υγείας Σκιάθου και ένα σχολείο στην Αλόννησο μεταφέρονται στο νέο ΕΣΠΑ. Κάθε ενταγμένο έργο, με τη λήξη του ΕΣΠΑ, εξετάζεται από την αρμόδια Διαχειριστική Αρχή για το εάν πληροί τις προϋποθέσεις παραμονής του στο Πρόγραμμα, δηλαδή εάν έχει ολοκληρώσει το φυσικό και οικονομικό αντικείμενό του και τεθεί σε λειτουργία, έχοντας εκπληρώσει τους όρους και στόχους της Απόφασης Ένταξής του. Στην περίπτωση αυτή εκδίδεται η προβλεπόμενη «Απόφαση Ολοκλήρωσης» για το έργο. Σε διαφορετική περίπτωση, το έργο απεντάσσεται από το Πρόγραμμα. Εν συνόλω τα έργα που παραμένουν ενταγμένα στο εκάστοτε Πρόγραμμα, αθροίζουν δαπάνες που συσχετίζονται με τον διατιθέμενο Προϋπολογισμό του Προγράμματος και με τα επιτρεπτά όρια υπερδέσμευσης. Κομβικά σημεία είναι: Η αύξηση του ποσοστού συγχρηματοδότησης των Προγραμμάτων του ΕΣΠΑ 2007-2013 σε 100%, το 2014, που με δεδομένο το αμετάβλητο του ποσού κοινοτικής συνδρομής, οδήγησε τα Προγράμματα σε υπερδεσμεύσεις που οφείλονταν να διαχειριστούν. Οι καθυστερήσεις που σημείωσαν τα έργα του ΕΣΠΑ κατά την υλοποίησή τους, που οφείλονταν σε οριζόντια θέματα, όπως η οικονομική εμπλοκή που επήλθε με τους περιορισμούς κίνησης κεφαλαίων το 2015, καθώς και ειδικότερα θέματα που προέκυψαν κατά την εξέλιξη του εκάστοτε έργου (απαλλοτριώσεις, αρχαιολογικές έρευνες, δικαστικές εμπλοκές κ.ά.). Η προθεσμία που τέθηκε για έκδοση Αποφάσεων Ολοκλήρωσης στα έργα που παραμένουν στα Προγράμματα του ΕΣΠΑ, Ιούνιος 2016, με οριστικοποίηση Πίνακα «εξυγίανσης» κάθε Προγράμματος, που μετά από παράταση λόγω του μεγάλου διαχειριστικού φόρτου, επεκτάθηκε έως τον 11ο/2016, εκτός ειδικών εξαιρέσεων. Η Τελική Έκθεση του κάθε Προγράμματος, που υποβάλλεται σύμφωνα με τον Κανονισμό στην Ε.Ε. για έγκριση είναι το αργότερο τον Μάρτιο 2017. Το πρώτο «σχέδιο» της Τελικής Έκθεσης ολοκληρώνεται τον Νοέμβριο 2016 με οριστικοποίηση κατάστασης έργων και δαπανών Προγράμματος και υποβάλλεται στην Αρχή Πληρωμής του ΕΣΠΑ και Αρχή Ελέγχου (ΕΔΕΛ), για έλεγχο και διατύπωση γνώμης όπως προβλέπεται. Το ότι τα Προγράμματα του ΕΣΠΑ 2007-2013 πρέπει να ολοκληρωθούν με ασφάλεια, απορρόφηση του εγκεκριμένου προϋπολογισμού τους και υπερδέσμευση που δεν πρέπει να υπερβαίνει το 5-10%.