Ο Γιάννης Μαρκόπουλος γεννήθηκε το 1939 στο Ηράκλειο Κρήτης. Πατέρας του ήταν ο Γεώργιος Μαρκόπουλος, πρώην νομάρχης Λασιθίου και μητέρα του η Ειρήνη Αεράκη από τη Σητεία. Πέρασε τα παιδικά του χρόνια στην Ιεράπετρα, τόπο καταγωγής του πατέρα του, στο ωδείο της οποίας παίρνει τα πρώτα του μουσικά μαθήματα στη θεωρία και στο βιολί. Οι πρώτες του επιδράσεις προέρχονται από την τοπική μουσική με τους γρήγορους χορούς και τα επαναλαμβανόμενα μικρά μοτίβα τους, από τη κλασική μουσική, καθώς και από τη μουσική της ευρύτερης ανατολικής Μεσογείου – και ιδιαίτερα της κοντινής Αιγύπτου. Το 1967 επιβάλλεται στην Ελλάδα η δικτατορία, και ο Γιάννης Μαρκόπουλος αναχωρεί στο Λονδίνο. Εκεί εμπλουτίζει τις μουσικές του γνώσεις με την Αγγλίδα συνθέτρια Elisabeth Lutyens. Επίσης συνθέτει την κοσμική καντάτα Ήλιος ο πρώτος, σε ποίηση Οδυσσέα Ελύτη (που τιμάται με το βραβείο Νόμπελ το 1979), και τη μουσική για τη Λυσιστράτη του Αριστοφάνη (για το Θέατρο Τέχνης, σε σκηνοθεσία Κάρολου Κουν), ολοκληρώνει το Χρονικό και τη μουσική τελετή Ιδού ο Νυμφίος, έργο ανέκδοτο με εξαίρεση ενός τμήματος, με τίτλο Ζάβαρα-κάτρα-νέμια (ιδιαίτερη σύνθεση διονυσιακού χαρακτήρα) που αποτελεί ένα από τα διάσημα κομμάτια του. Την ίδια περίοδο γνωρίζεται με τους συνθέτες Ιάννη Ξενάκη και Γιάννη Χρήστου και έρχεται σε επαφή με τα πλέον πρωτοποριακά μουσικά έργα. Στο Λονδίνο συνθέτει ακόμα τους Χρησμούς, για συμφωνική ορχήστρα, και τους πρώτους Πυρρίχιους χορούς Α, Β, Γ, (από τους 24 που ολοκλήρωσε το 2001), οι οποίοι παίζονται, το 1968, από την ορχήστρα Concertante του Λονδίνου στο Queen Elizabeth Hall. Τότε γράφει και τη μουσική για την Τρικυμία του Σαίξπηρ, που ανεβαίνει από το Εθνικό Θέατρο της Αγγλίας, σε σκηνοθεσία David Jones με τον Sir John Clemens. Με την είσοδο της δεκαετίας του ’70 υλοποιεί το μουσικό του όραμα: καταθέτει μουσικά έργα που χαρακτηρίζονται στο σύνολό τους ως νέα πρόταση και τομή για τη μέχρι τότε ελληνική μουσική πραγματικότητα· έργα με ενότητα της αισθητικής και της φιλοσοφικής άποψης του συνθέτη ως προς τις θεμελιακές αρχές τους, με το καθένα όμως από αυτά να είναι διαφορετικό. Ιδρύει ένα νέο και ιδιόμορφο ορχηστικό σχήμα, καθιερώνοντας, με τις συνθέσεις του, την ουσία της μουσικής συμβίωσης και τους συσχετισμούς έκφρασης μεταξύ συμφωνικών και τοπικών οργάνων, μέσω του μελωδικού και ρυθμικού του ορίζοντα, των αρμονικών του δομών και των ηχοχρωμάτων της διάφανης ενορχήστρωσής του. Παράλληλα, προτείνει εμφατικά την «Επιστροφή στις Ρίζες», εννοώντας τον «σχεδιασμό του μέλλοντος, με ενδοσκόπηση, μελέτη και πλησίασμα των άφθαρτων πηγών της ζωντανής τέχνης του κόσμου και επιλεγμένες σύγχρονες πληροφορίες τέχνης». Η πρότασή του αυτή παίρνει τις διαστάσεις ενός κινήματος τέχνης. Λίγο αργότερα ιδρύει την ορχήστρα Παλίντονος αρμονία, που αποτελείται από όργανα συμφωνικά και ελληνικά. Παρουσιάζει τα έργα του στο στούντιο Λήδρα και αργότερα στη μπουάτ "Κύτταρο", με νέους τραγουδιστές και μουσικούς. Διδάσκει τον τρόπο της ερμηνείας της μουσικής και των τραγουδιών του, στην αισθητική κατεύθυνση που πάντοτε επιζητούσε. Μαζί με τα θεατρικά στιγμιότυπα και τον εικαστικό διάκοσμο στήνει μια πολύτροπη μουσική παράσταση. Διανοούμενοι και φοιτητές γεμίζουν καθημερινά τους χώρους της δραστηριότητάς του, παρά τα εμπόδια της τότε εξουσίας. Τα τραγούδια του, όπως οι Οχτροί, τα Λόγια και τα χρόνια, τα Χίλια μύρια κύματα, η Λένγκω (Ελλάδα), ο Γίγαντας, το Κάτω στης Μαργαρίτας το αλωνάκι, το Καφενείον η Ελλάς, το Ο τόπος μας είναι κλειστός, τα Παραπονεμένα λόγια, το Μιλώ για τα παιδιά μου και πολλά άλλα, γίνονται σύμβολα και μύθοι. Το ίδιο άλλωστε συμβαίνει με τα μουσικά του έργα Ελεύθεροι Πολιορκημένοι, Ο Στράτης ο Θαλασσινός ανάμεσα στους Αγάπανθους, Ήλιος ο Πρώτος, Χρονικό, Ιθαγένεια, Οροπέδιο, Θητεία και Μετανάστες – σε ποίηση και στίχους Σολωμού, Σεφέρη, Ελύτη, Κ.Χ. Μύρη, Μιχ. Κατσαρού, Ελευθερίου, Σκούρτη, Θεοδωρίδη αλλά και δικούς του. Το 1977 έρχεται η κοσμική λειτουργία Oι Ελεύθεροι Πολιορκημένοι με βάση το ποίημα του εθνικού μας ποιητή Διονυσίου Σολωμού που παρουσιάζεται την ίδια χρονιά ενώπιον 22.000 νέων σε στάδιο της Αθήνας υπό την διεύθυνση του συνθέτη. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος με το έργο του και τη στάση του σηματοδοτεί το εξαίσιο μουσικό τοπίο της δεκαετίας του ’70. Η δημοτικότητα την οποία απολαμβάνει η μουσική του και στο εξωτερικό εκφράζεται με πολλές μετακλήσεις για συναυλίες. Ο συνθέτης πραγματοποιεί αλλεπάλληλα ταξίδια ανά τον κόσμο. Επισκέπτεται διαδοχικά, δίνοντας συναυλίες με τα έργα του, τις ΗΠΑ, τον Καναδά, τη Σουηδία, την Ολλανδία, την Ιταλία, τη Γαλλία, τη Γερμανία, το Βέλγιο, την Αγγλία καθώς και διάφορες πόλεις της Ρωσίας και της Αυστραλίας. Στην καλλιτεχνική του παραγωγή συμπεριλαμβάνεται μουσική για το θέατρο και τον κινηματογράφο, σε έργα του Ευριπίδη, του Αριστοφάνη, του Μενάνδρου, του Σαίξπηρ, του Τσέχωφ, του Μπέκετ και σύγχρονων Ελλήνων, με το Εθνικό Θέατρο, το Θέατρο Τέχνης του Καρόλου Κουν, το Αμφιθέατρο του Σπύρου Ευαγγελάτου και με τους σκηνοθέτες Αλέξη Σολωμό, Πέλλο Κατσέλη, Μίνωα Βολονάκη, κ.ά. Ανάμεσα στις ταινίες: Vortex και Byron του Κούνδουρου, Κραυγή γυναικών και Πρόβα του Jules Dassin, Beloved του G. Cosmatos, Φόβος του Κώστα Μανουσάκη, Επιχείρηση Απόλλων του Γ. Σκαλενάκη, Η Μοίρα ενός αθώου του Γρηγόρη Γρηγορίου (βραβείο μουσικής Φεστιβάλ κινηματογράφου Θεσσαλονίκης). Το 1980 ξεκινά την προετοιμασία για το άνοιγμα ενός νέου κεφαλαίου στη μουσική του. Στον κορμό των νέων συνθέσεών του εμφανίζονται μελωδικά ξεσπάσματα στηριγμένα στην εκτεταμένη πολυτονικότητα της αρμονικής του δομής, που ενισχύονται από το πάθος μιας ανεξάντλητης ζωτικότητας. Από τα έργα ενόργανης μουσικής σημειώνουμε: Κονσέρτο-Ραψωδία για λύρα και ορχήστρα, τα Μητρώα (για ορχήστρα εγχόρδων), τις Τετράδες (5 κουαρτέτα), δύο σονάτες, Πέντε κομμάτια για βιολί και πιάνο, τις Σειρήνες (ορατόριο), τον κύκλο τραγουδιών Φίλοι που φεύγουν σε ποίηση Νίκου Καρούζου, Μανόλη Αναγνωστάκη, Ανδρέα Εμπειρίκου, τα 5 Στάσιμα - Επί Σκηνής, σε ποίηση Γιώργου Σεφέρη. Από τις συνθέσεις αυτής της περιόδου σημειώνουμε έργα μουσικής δωματίου, τέσσερα κουαρτέτα, δύο σονάτες, πέντε κομμάτια για βιολί και πιάνο. Από τα έργα ενόργανης μουσικής, το Κονσέρτο-Ραψωδία για λύρα και συμφωνική ορχήστρα,τα Μητρώα για ορχήστρα εγχόρδων,τη Συμφωνία της Ίασης, επίσης δύο ορατόρια και δύο κύκλους τραγουδιών. Το 1994 εκδίδεται ένα από τα πιο σημαντικά του έργα, η Λειτουργία του Ορφέα. Παρουσιάζεται στο Palais des Beaux-Arts των Βρυξελλών αφιερωμένη στον επαναπροσδιορισμό του ανθρώπου με την φύση, εγκαινιάζοντας μια νέα σχέση κοινού και συναυλιακής παράστασης, ενώ ταυτόχρονα παρουσιάζεται έκθεση κεραμικής, ζωγραφικής και χειροτεχνίας, υπό την αιγίδα του Βελγικού Υπουργείου πολιτισμού με τίτλο «Από το σκοτάδι στο φως» - υπότιτλο που χρησιμοποιούσε ο συνθέτης στις ζωντανές παρουσιάσεις του Ορφέα. Η έκδοση του έργου το 2009 από την Εταιρία Naxos, αποτέλεσε σπουδαίο μουσικό γεγονός σε παγκόσμιο επίπεδο. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος ξεκίνησε να συνθέτει τη Λειτουργία του Ορφέα, σε μορφή σύγχρονου ορατορίου από το 1991 και το έργο δομήθηκε στη βάση των διασωθέντων αρχαίων ορφικών ποιημάτων. Για το λιμπρέτο επέλεξε φράσεις, ακόμα και μεμονωμένες λέξεις από τα θραύσματα των ποιημάτων. Το πνευματικό της περιεχόμενο, εμπλουτισμένο με πολλά στοιχεία αναζωογονεί το μύθο του προφήτη μουσικού Ορφέα. Στη συμφωνική ορχήστρα πρόσθεσε στην παρτιτούρα του σε ορισμένα μέρη κιθάρα, λαούτο, κανονάκι και λύρα. Τα αφηγηματικά μέρη συνοδεύονται κυρίως από άρπα, καθώς η πρόθεση του συνθέτη εδώ είναι η δημιουργία μίας ραψωδικής διάθεσης, ενώ σε κάποια σημεία δύο φλάουτα παίζουν μαζί ως μια νύξη στον αρχαίο δίαυλο όπως έχει αναφέρει.