Τη δική του εκδοχή για όσα του καταλογίζονται έδωσε μέσω έγγραφων εξηγήσεων στις εισαγγελείς ανηλίκων που χειρίζονται την υπόθεση της Κιβωτού του Κόσμου ο πατέρας Αντώνιος. «Η ανύπαρκτη ποινική υπόθεση επιχειρείται να στηριχθεί σε κραυγαλέες αναλήθειες, φήμες, διαδόσεις, ψευδή και κατασκευασμένα δημοσιεύματα, με τη σύμπραξη καλοθελητών, που εποφθαλμιούν το έργο της Κιβωτού» φέρεται να αναφέρει στις εξηγήσεις που παρέδωσε μέσω των συνηγόρων του. Ο επικεφαλής της οργάνωσης υπέβαλε πολυσέλιδο υπόμνημα, καθώς έχει καταστεί ύποπτος για τα αδικήματα της κατάχρησης ανηλίκων σε ασέλγεια και της ηθικής αυτουργίας σε σωματικές βλάβες, αφού προέκυψαν καταθέσεις που τον τοποθετούν μπροστά σε περιστατικά σωματικής κακοποίησης ανηλίκων έπειτα μάλιστα από δικές του εντολές, προκειμένου να σωφρονιστούν τα φιλοξενούμενα παιδιά. Ο πατέρας Αντώνιος κάνει λόγο για προφανείς σκοπιμότητες που τον οδήγησαν σε αυτή τη θέση ενώ χαρακτηρίζει ψευδείς τις δυο καταγγελίες σε βάρος του. «Λόγω προφανών σκοπιμοτήτων, μετά από 25 χρόνια ευδόκιμης λειτουργίας, υποβλήθηκαν δύο, (τονίζεται ο αριθμός 2), καταγγελίες σε βάρος της διοίκησης τη ΚΙΒΩΤΟΥ, που άκριτα υιοθετήθηκαν από ορισμένες μόνον Αρχές, Φορείς και Μέσα. Δυο καταγγελίες προκλητικά και αυταπόδεικτα ψευδείς και αυτοαναιρούμενες. Μάλιστα, η επόμενη "αντέγραφε" τις αοριστολογίες και τα αβάσιμα περιστατικά της προηγούμενης (!!!)», φέρεται να αναφέρει χαρακτηριστικά. Όπως εξηγεί, «με βάση τις παραπάνω ψευδείς καταγγελίες συντάχθηκαν αόριστα "κατηγορητήρια", χωρίς καν ειδικότερη περιγραφή των απαιτούμενων περιστάσεων, (τρόπου, χρόνου, μεθόδου), παρά την προφανή αντιφατικότητα τους». Μάλιστα, σημειώνει ότι ο 19χρονος που έκανε την πρώτη καταγγελία και άνοιξε τον ασκό του Αιόλου για την Κιβωτό του Κόσμου διαψεύδεται από τα περισσότερα παιδιά που φιλοξενούνται στις δομές της οργάνωσης.   «Η μεθοδευμένη δράση του πρώτου και κύριου καταγγέλλοντος εξακολουθεί, αφού περιφέρεται άνευ δικαιώματος στις δομές, προσπαθώντας να στηρίξει τα ψεύδη του. Ευτυχώς, τον διαψεύδουν κατηγορηματικά πληθώρα παιδιών», αναφέρει στις εγγραφές εξηγήσεις του και συμπληρώνει πως «παιδιά που ενυπόγραφα και με αποδείξεις διέψευσαν τον 19χρονο, υπέστησαν άγριο ξυλοδαρμό, από αγνώστους και απειλές να ανακαλέσουν». Κλείνοντας το υπόμνημά του, ο πατέρας Αντώνιος κάνει λόγο για εκμετάλλευση του ζητήματος της δομής σε βάρος χιλιάδων παιδιών που φιλοξενούνται σε αυτή και καταλήγει: «Ευελπιστούμε ότι η ελληνική Δικαιοσύνη θα πράξει τώρα πλέον το καθήκον της, ανταποκρινόμενη επαρκώς στο έργο της». Οι εισαγγελείς ανηλίκων αφού μελετήσουν την υπόθεση θα αποφασίσουν σχετικά με το εάν θα προχωρήσουν σε άσκηση δίωξης σε βάρος του ή όχι. Σε θετική περίπτωση ο πατέρας Αντώνιος θα καταστεί κατηγορούμενος και η υπόθεση θα ανατεθεί σε ανακριτή.