Οι αξιωματικοί της Πολεμικής Αεροπορίας ήθελαν να ανελκύσουν όσα περισσότερα τμήματα του αεροσκάφους μπορούσαν, προκειμένου να επιχειρήσουν να διακριβώσουν τι πήγε στραβά και έπεσε το Mirage 2000. Πληροφορίες του protothema.gr αναφέρουν ότι ως πιθανότερη αιτία θεωρείται να υπήρξε κράτηση κινητήρα του μαχητικού. Το κρίσιμο ερώτημα είναι γιατί ο κινητήρας δεν μπορούσε να επανεκκινήσει κυρίως διότι την ώρα της πτώσης το Mirage 2000 δεν ήταν σε κατάσταση, που θα μπορούσε να θεωρηθεί σαν υπέρβαση των ακραίων ορίων του. Για τη διερεύνηση και ανασύνθεση των τελευταίων λεπτών του ατυχήματος θα αξιοποιηθούν και τα δεδομένα που θα προκύψουν από τον καταγραφέα στοιχείων πτήσης του Mirage 2000, το λεγόμενο μαύρο κουτί του μαχητικού. Ο καταγραφέας εντοπίστηκε σε βάθος 580 μέτρων, ανελκύστηκε και έχει ήδη σταλεί στη Γαλλία προκειμένου να ανοιχτεί από τεχνικούς της κατασκευάστριας εταιρείας Dassault. Στην επιχείρηση ανέλκυσης των συγκροτημάτων του αεροσκάφους, από βάθος μέχρι και πεντακοσίων ογδόντα μέτρων (580 m), συμμετείχαν μέλη της Επιτροπής εμπειρογνωμόνων της Πολεμικής Αεροπορίας, που συγκροτήθηκε για τη Διερεύνηση του Αεροπορικού Ατυχήματος, υποβρύχιοι αποστολείς της Κινητής Ομάδας Συντήρησης Υποβρύχιων και Θαλάσσιων Εγκαταστάσεων (ΚΟΣΥΘΕ) της ΠΑ και ερευνητικό προσωπικό του Ελληνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ), το οποίο είχε και την ευθύνη υλοποίησης της ανέλκυσης. Η επιχείρηση είχε μεγάλο βαθμό δυσκολίας, διότι το αεροσκάφος αρχικώς είχε εντοπιστεί σε βάθος 60-80 μέτρων αλλά η κλίση του βυθού ήταν πολύ μεγάλη. Ως αποτέλεσμα της θέσης που βρέθηκε το αεροσκάφος κάτω από τη θάλασσα αλλά και λόγω των ρευμάτων, τα κομμάτια του Mirage παρασύρθηκαν σε βάθος 180 μέτρων και τελικώς ανελκύστηκαν από βάθος 580 με 600 μέτρων! Το μεσημέρι της Πέμπτης 15 Ιουνίου 2017, ολοκληρώθηκε η ανέλκυση του καταγραφέα, του ουραίου τμήματος και δύο κομματιών του κινητήρα του αεροσκάφους Mirage 2000. Κάποια από τα κομμάτια του μαχητικού που ανελκύστηκαν πιθανόν να μπορέσουν να ξαναχρησιμοποιηθούν ως ανταλλακτικά. Η επιχείρηση δεν θα συνεχιστεί, διότι θεωρείται πολύ δαπανηρή και επειδή εκτιμήθηκε ότι δεν έχει νόημα να έρθουν στην επιφάνεια οι πτέρυγες του αεροσκάφους.