Ο Αλ. Μωραϊτίδης, όπως γράφει ο Β. Γαβριηλίδης (1/1/1892), «παρεβίασε την φύσιν, την δημιουργίαν του, τον εαυτόν του, την ζωή του, το πνεύμα του, διά να μην έχη καμμίαν από την κοινωνίαν απαίτησιν…κι έγινε δάσκαλος!…τουτέστι καθηγητής.» Υπηρέτησε το εκπαιδευτικό σύστημα επί είκοσι χρόνια σε Αθήνα (17,5 χρόνια), Σκιάθο ως Σχολάρχης για δύο χρόνια και τρεις μήνες στη Χαλκίδα. Το 1880, 30 χρονών, πρωτοδιορίστηκε στο β’ Γυμνάσιο της Αθήνας.
Το 1881 ονομάστηκε διδάκτωρ της Φιλοσοφίας με βαθμό λίαν καλώς. Με το ΦΕΚ 296 της 28ης Οκτωβρίου 1886 ο Αλ. Μωραϊτίδης διορίστηκε Διευθυντής του Σχολείου της γενέτειράς του σε ηλικία 36 χρονών όπου και παρέμεινε για δύο χρόνια συμμετέχοντας, όπως γράφει, ‘‘εἰς ὅλας τὰς ἑορτάς της καὶ πανηγύρεις’’ του νησιού του. Το 1900 παραιτήθηκε εξαιτίας του τότε Υπουργού Παιδείας που του ζητούσε χάρες για το γιο του…
Ο δημοσιογράφος Γιώργος Κορομηλάς (1880-1963) που διετέλεσε μαθητής του, με το ψευδώνυμο Πέτρος Δειλινός σημειώνει το 1922 στον πρόλογο του Δ’ τόμου των ταξιδιωτικών του Μωραϊτίδη υπό τον τίτλο ‘’Με του βορηά τα κύματα’’: «Όταν ως καθηγητής ηγωνίζετο να δημιουργήσει χρηστούς πολίτας, ο επίγειος αυτός άγγελος της καλωσύνης, έπαιρνε ρομφαίαν αρχαγγέλου διά να χαράξη αράδα εις τους κακούς μαθητάς: -Mηδέν! Μηδέν! Μηδέν!… -Μα, ευλογημένε μου κ. καθηγητά, διεμαρτύρετο κανένας πατέρας με μποχτσάν, δόσε και κανένα βαθμό στο παιδί μου να πάρη το χαρτί… -Ωραία! Πολύ ωραία! Απεκρίνετο ο Μωραϊτίδης.
Διά να γείνη επί πλέον άχρηστος, και διά να βλάπτη, οσάκις δεν εβλάπτετο»